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密勒日巴生長在一個富有家庭中，父名密勒蔣采，繼承祖父金剛獅子辛勞多年所購買的一塊良田，並在附近建造了一棟三層樓的大房子。母親名為白莊嚴姆，聰慧幹練，是當地一位有錢人家的女兒。
光陰過得很快，過了几年，白莊嚴姆母懷了孕。這時密勒蔣采卻正從南方辦了大批貨物，到北方草原大牧場上做買賣去了。這年秋天八月二十五白庄嚴母，生下了小孩。母親立刻差人送信給父親密勒蔣采送方人又詳細地把新生小孩和家中的情 形陳述一番，催促父親早日回去替小孩我取名字和慶祝。父親心中異常喜悅，替他取名密勒日巴，意謂“聞喜”。後來，母親又為家裡添了一個比我少四歲的妹妹白達。一家四口豐衣足食，全身上下珠光寶氣，富足非凡，令鄉鄰羨慕不已。
他年滿七歲時，父親得了重病，請了許多醫生和術士都無法救治。於是在他逝世前，他將孤兒母女託付給伯父、姑母代為照顧，並將家產暫託代管。等到密勒日巴成人，娶妻的時候，就請把訂妥了的結合姑娘結賽迎娶過來。結婚的費用應該和我們的身份相稱。那了那個時候，我的財產是應該由密勒日巴承管。不料人心難測，伯父、姑母不但霸佔財產，而且凌虐密勒日巴母子一家人。悽苦生活 備受凌虐
母子三人過著艱辛的生活，頭髮蓬鬆，蟣虱成堆，衣著襤褸，不避嚴寒，可食之物也不夠裹腹止飢。夏天是伯父的奴役，冬天成了姑母的僕人。由於勞役過度，加上營養不良，整個人瘦得只剩下一把骨頭。
當密勒日巴年滿十五歲那年，他母親用省吃儉用所攢起的許金錢和借來的食物宴請了諸位親屬。在宴會上，當著伯父、姑母及當年父親過世時在場的親友面前，宣讀了當年父親立下的遺囑。母親說密勒日巴已長大，伯父、姑母應歸還屬於他們自己的財產，沒想到伯父和姑母全盤否認家財應歸還之事，並拿馬鞭子來打他的母親，用衣袖子來摔密勒日巴和妹妹琵達。母親聞言後，放聲痛哭倒在地上。母親無法容忍如此大辱，因此她要密勒日巴去學習一些誅法及咒術來報復伯父、姑母等勢利的親屬，這也是她唯一的心願。學習咒術 代母復仇
於是他母親就把哲白登瓊那塊他們唯一值錢的土地賣了一半，買了一塊松耳石與一匹白馬及幾塊牛皮，作為密勒日巴路上的盤纏及對上師的供養。
當他來到衛藏的波通地界，他找到了咒術高超的喇嘛 雍旦多甲，將松耳石及馬兒換成的金子等一起供養給他並誠意獻上他的身語意三業。他向喇嘛訴說了他們母子三人痛苦的遭遇，並請求他傳授咒術，幫助他報復洩恨。
最初，喇嘛只傳他幾個惡咒、口訣及修法，並未給予深奧的咒術。在觀察了他一年多後，知道密勒日巴求法的決心，同時也查證了有關他伯父、姑母霸佔財產及凌虐等事不假後，才傳給他幾個深奧的咒術，並介紹他前往另一位精通咒術的朋友處，去求取降雹的法術。
喇嘛雍旦多甲寫好了介紹信並賜予他禮品，並委派他的兒子達瑪旺秋與密勒日巴一同往喇古容巴座前。他呈上書信及禮品，並將所有悲慘的境遇一一呈稟，懇求喇嘛傳授咒術。
在求得咒術後，他在喇嘛古容巴的囑咐下，於一靜處修持。按照喇嘛所傳授的訣竅修法七日後，喇嘛前來說：「此法只需修七日就夠了。」但密勒日巴恐怕咒力不夠，於是請求再修七日。仇敵被滅 母償宿願
到了第十四天的晚上，上師又來說：「今天晚上，在曼陀羅（法壇）的旁邊，當有誅法成果的表現。」果然，當日晚上，壇城周圍的具誓護法們提著五十五個血淋淋的人頭，連同心、肝、內臟前來，說道：「你們叫我辦的事就是這個吧！」然後把那些人頭，心臟堆在壇城月周圍。
第二天早上，喇古容巴來看密勒日巴時說：「昨晚護法神對我說，該殺的人還有兩個，還要不要殺呢？」密勒日巴請求讓他們活下來，以作為善惡有報的見證。他伯父、他姑母也因此沒被護法神給誅殺。
後來密勒日巴知道，在他修法施咒那天，伯父正在為長子娶媳婦而大擺宴席。他的兒子、媳婦以及當時幫著伯父、姑母欺侮他們的三十多位他極端仇恨的親戚，都被房屋壓死，到處一片哭聲。
他母親知道此事後，趕忙跑出來看，見狀後，又驚又喜地將一塊破布挑在一根木棍上，四處高喊：「供養呀！祭祀呀！神聖的上師三寶！他們終於遭到報應了，我這一輩子從來沒有這麼地快活！」
生出離心 勤求正法
經過此事後，密勒日巴的母親的瞋恨心並未減少，因害怕村人藉此報復及自身的安全，於是她委託一位行至此處的瑜伽行者，巧妙地將信及供養金交給密勒日巴。在信中，她要密勒日巴再請求喇嘛傳授降下冰雹的本領；為達成母親的宿願，他再回到波通拜見雍旦多甲喇嘛，學到了降雹的法術。
那一年家鄉風調雨順，莊稼長得很好，村民約好要一起慶祝豐收。但密勒日巴卻在一山谷中祭祀念咒施法，他對護法神詳述了遭虐的事實後，天空突降冰雹，將原本要收割的麥子全部摧毀。頓時山洪暴發，所有的麥子也隨著川流不息的洪水沖走，一切都毀在他的咒力之下。
事後，他對自己所做的惡行產生了極大的後悔之心，良心常受到譴責，對生命輪迴的痛苦也產生了厭離，希望能修習正法，以贖己過。
此時，同樣也想要贖過修正的喇嘛知道後，對密勒日巴說：「在這世間上所有的一切事物都是無常的，我和你也因為施放咒術及降雹等行為，而犯下了極重的罪業，這個苦果終果將會還報到我們自身。你如想棄惡從善，從現在起只能做對自他有利的事情，並修習正法。」說完，便打發密勒日巴前去喇嘛榮旦的寺院裡求學正法。
宿世因緣 尋訪上師
帶著喇嘛雍旦多甲所為他準備的求法供養物品，前往日浪寺求見喇嘛榮旦。密勒日巴將施咒造罪的經歷和內心的懺悔向喇嘛訴說，並請求喇嘛傳授他於一生即能出離輪迴的大法。可惜，密勒日巴並未能通達喇嘛所教授的義理，反而心生傲慢之心，自以為有善根。他自恃能像喇嘛所說的那樣 - 聽聞即解脫，因此沒有努力觀修，反而整日睡覺，結果自然是毫無收獲。
喇嘛見狀後，便對他說：「你真是極大罪人，我無法教授？你若你真的想要修得正法，就去一個叫札絨的地方，那裡有位德高望重的尊譯經大師─馬爾巴尊者。他是新派密宗的行者，得了三種無分別的大成就者。他與你前生有緣，你應去拜他為師。」
他聽見譯經王馬爾巴譯師的名字，心里就說不出的歡喜，全身的汗毛直豎，眼淚如潮水般涌出，生起了無量的歡喜虔誠和無比的信心。他帶著旅行的食量與上師的介紹書信，就動身上路。
就在他前往尋找大師的路上，馬爾巴大師夢見他的上師那洛巴為他灌頂，那諾巴尊者給了馬爾巴上師一個五股琉璃金剛杵，在杵的尖端上，略微沾有一些塵垢﹔另外又給了一個盛滿了甘露的金瓶子，說道：「你拿這個瓶子里面 的水來洗淨金剛杵上的塵垢﹔把金剛杵高懸在大幢之上，上令諸佛歡喜，下令眾生獲益，這樣就能成就自他二種事業。」言畢逝去。馬爾巴上師就依照尊者的話，用瓶中的甘露洗淨金剛杵，把金剛杵放在大幢之上，金剛杵忽然大放光明，普照三千大千世界。光明照在六道眾生的身上，消除了所有的痛苦和悲哀。眾生快樂踴躍，向馬爾巴上師和大幢頂禮﹔恆河沙數無量諸佛都向著這個大幢開光。
醒來後，馬爾巴大師正在思量夜間的夢，卻見師母慌慌忙地跑來，向馬爾巴訴說地昨晚的夢，大師聽見師母說了這個夢後，知道師母的夢與他自己的夢完全相合，心裡雖然非常高興，但是表面上卻一本正經的說：「夢都是幻想無實的，我也不知道你的夢有甚麼意思。」接著又說：「今天我要到地里去種田，你給我準備一下！並給我拿一罐酒，我還要招待今天來的小客人！」馬爾巴大師帶著酒，拿了工具下田去了。
馬爾巴上師到了田里以后，先把酒罐子埋在地下，用帽子蓋起來，鋤了一會兒地，就坐下來，一面休息，一面喝酒。
皈依上師 謹尊師命
那時，密勒日巴已快到羅扎烏谷邊緣了，沿路到處向人探聽至尊馬爾巴大譯師住處，竟是連一個聽說至尊馬爾巴譯師這個名字的人都沒有遇到，當密勒日巴去到洛札河谷的一個路口，遇見了一個人，又問：「這個山坡叫甚么名字呀？」他說：「此地叫做法廣坡！」密勒日巴心想在法廣坡上看見了上師的住所，緣起非常好！心里很是高興，一面走上來，一面又向人詢問。
走不一會兒，遇見了一群放羊的人，密勒日巴又問他們馬爾巴譯師住在那里？一個老頭子說不知道﹔其中有一個很漂亮很可愛的小孩子，穿的衣服很講究，口齒也很伶俐，說道：「喂！你大概是說我的父親吧！我父親把家產都賣光了，換成金子，帶到印度去，回來的時候帶了很多長頁子的經書回來。他一向不種地的人，今天不知道是甚么緣故，在那邊田里種起地來了！」
密勒日巴心想大概不會錯了，但是又疑惑，怎么大譯師會自己種起地來呢？一面思忖，一面走著，忽然看見路旁田里面，有一個正在耕地且身材魁梧、雙眼炯炯有神的的喇嘛，當下的他心中就生起一種難以言喻的奇妙感覺。當密勒日巴問喇嘛馬爾巴上師的住處時，他反過來詢問密勒日巴的來歷。
密勒日巴稟明後，喇嘛說可以幫他引見馬爾巴大師，並要密勒日巴將所在的一塊田犁好。言畢，他將藏在地底下的一罈酒取出，並敬了密勒日巴一杯美酒，然後要密勒日巴為他耕完剩下的地後便逕自離開。
他離去後，密勒日巴將所剩餘的酒一股腦兒地完全喝光，然後開始耕田，不一會，一個少年跑來向他說，「喂！上師叫你去拜見他。」
密勒日巴說：「我要先把這個田耕完了再來，剛才那個人幫我去傳 話給上師，我也一定要替他把田耕完才對，請你先通稟一聲說我馬上就來了！」(這塊田後來被稱為『順緣田』以紀念這吉祥的緣起。)
把尚未耕完的地也全部耕完後，小孩子就帶他到大師的家裡，只見剛才讓他耕地的人，正坐在鋪著一層栽絨 的厚墊上。高座上雕有美麗的花紋，他暗地打量著心想：「這不就是剛才要求我替他犁田的人嗎？馬爾巴大師在哪兒呢?」
正在東張西望時，大師笑著對他說：「我就是馬爾巴，你頂禮吧！」於是密勒日巴恭敬地向上師頂禮，供養我的身口意，並訴說他的滔天罪行，請上師賜給他衣食、傳他佛法。
大師說：「把身口意都供養上師倒是應該的，可是我不能又給你衣食，又傳給你法！要給你衣食，你到別處去學法﹔要是傳你法，你就得到別處去求衣食去，這兩樣只能給一個，你好好的選擇。再者，我就是傳給你法，也不一定是今生就能成佛，這是完全要靠你自己的精進的！」
密勒日巴說：「我是到上師這兒來學法的，衣食我另外想法子去。」說完後，他就拿著一本經書到佛堂里去。馬爾巴大師看見便說：「你的書拿到外面去，我的護法神嗅了你的邪書氣味，說不定會打噴嚏的！」
密勒日巴詫異地想：「上師大概已經知道我的書裡面有咒術和誅法！」
大師讓了一間房子給密勒日巴住。他在裡面住了四、五天，做成了一個放東西的皮口袋﹔師母又給了很多好吃的東西，待他非常的好。
密勒日巴為了供養師傅，他就在羅扎烏谷到處去要飯，討來了二十一升麥子。用十四升麥子買了一個毫無破損鏽爛的四方形的大銅燈﹔用一升麥子買了肉和酒﹔把其余剩下來的麥子都裝在他做的皮口袋裡。又把大銅燈捆在口袋上面，背著走回來。背到上師的住宅前時，身體已經疲憊不堪﹔扑通一聲，把東西從背上拿了下來。由於滿滿的一口袋麥子的份量很重，竟把房子都震動了。
當時他上師正在吃飯，馬上出來，瞧見是他我便說：「你這個小子，氣力倒真不小啊！你是不是想把我的房子弄倒，壓死我呀！真混帳！快點把口袋拿出去！」並提起腳就踢密勒日巴。他只好把麥子拿到外面，心想：「這位上師真不好惹啊！以後總得好好的謹慎侍候才是。但心裡卻并沒有起一點不滿意的心思或邪見：「我向上師頂禮，把買來的大銅燈供養給上師。」
馬爾巴大師拿著銅燈，閉著眼默思了一會兒，不禁流下淚來。他很歡喜很感動地說：「緣起太好了！這是供養大梵學者那諾巴上師的。」大師結印作了供養後，用棍子把銅燈敲了敲，銅燈發出鏗鏗的聲音來。大師把銅燈拿到佛堂去，在銅燈里裝滿了酥油，裝好燈心，把燈點了起來。那時，密勒日巴太心急於想求法，就跑到上師面前請求說：「請上師就傳給我大法和口訣吧！」
馬爾巴大師說：「由衛藏要到我這里來學法的徒弟和信士很多，但是蜀大和令巴地方的人搗亂常常搶劫他們，不准他們送食物和供養給我。現在我要你對這兩個地方下冰雹，要是成功的話，我就傳法給你！」
為了求法，密勒日巴就又一次的使了降雹術，果然是成功了。他又回馬爾巴大師面前來求法，大師就說：「你不過下了兩三塊冰雹，就想要得到我從印度苦行得來的正法嗎？如果你真要想求法的話，就讓我告訴你卡哇地方的人們曾打我的徒弟，一向專門跟我作對，你要真是有厲害的誅法，你就應該放咒來咒他們，成功的話，我就把那諾巴上師傳下來的即身成佛的法傳給你。」
密勒日巴又開始放咒了。不久，卡哇地區，果然起了內亂，殺死了很多人，與我們作對的都死了。馬爾巴大師看見他的咒術真的靈驗了，就說：「人家說你的誅法厲利，咒力很大，倒不是假的啊！」自此之後，馬爾巴大師就呼密勒日巴為「大力」。
密勒日巴再次又向上師請求傳正法，不料馬爾巴大師大笑道：「哈！哈！哈！你造了這麽樣大的罪，還要想我把這個不惜身命到印度，用黃金供養上師的口訣、空行母的心要，輕易的給你嗎？就是開玩笑也未免開得太過了。再說，你這善使誅法的人，今天若不是我而是另外一人，恐怕你早就把他殺掉了。好！現在你要是能把蜀大令巴的收獲恢復和卡哇殺死的人都弄活，我就給你傳法，否則你就不要在我這裏住了。」說完，並將他痛罵了一場。密勒日巴失望已極，放聲痛哭，師母看他可憐，就跑過來安慰他。
第二天一早，馬爾巴大師到他這里來說：「昨天，我對你說得也未免太狠了一點，不要生氣！你的身體很強壯，我想要你給我建造一間裝經書的石屋。這個石屋修好了，我就傳法給你，你所需的衣服食物都由我供給！」
清淨惡業 百般磨難
他謹遵師命開始建屋。第一次是在東方的山頂上建造一個圓形石屋；第二次是在西方的山頂上建造一個半月形的房子；第三次是在北方的山頂上建造一個三角形的石屋。
每次當密勒日巴修建即將完成時，馬爾巴大師即時會否認前述約定，而嚴厲地斥責他拆除石屋，並命令他將石材搬回原址。然而，馬爾巴大師又再度要求密勒日巴修建碉樓，他又開始背著石頭修建碉樓。由於一而再，再而三地興建、拆毀，他又急於想把碉樓造好，以求得所要的佛法，因此他背上磨出傷口。
馬爾巴大師又讓他修建一個九層高的石樓，並且在其上加蓋一個庫房，總共十層，並向他聲明說：「大力！這一次決不毀掉，這個房子房子蓋好後，我傳你口訣、修法的資糧我也供給你！」
由於先前三次不愉快的經驗，密勒日巴要求師母作為他作證人，上師也應允了等到完成時才會傳授佛法給他。他在建地基時，大師的三個弟子搬了幾個大石來幫忙，被大師發現後，嚴加斥責，並且告誡他不可佔他人的便宜。三個人搬的石頭，他一個人來搬，當然用了很多的時間和氣力。以後他搬的那些石頭，叫為「大力石」。
當他修到第七層樓高時，他的腰也被磨出了一個瘡洞。那時，正逢有人前來祈求大師傳授密集金剛的灌頂，於是也坐到求灌頂的人群中，馬爾巴大師見到密勒日巴發怒說：「大力！你有什麼可以作為求法力供養？如有供養就拿出來，沒有就給我滾出去！」說完，他一腳把密勒日巴踢出門外。此時的他只覺得自己福報太淺，不能求得此殊勝的灌頂，於是他傷心地哭了一夜。
第二天早上，上師來看他，說：「大力，你現在暫時不要修房堡了，先替我做一所城樓形的大客店，要有十二根柱子的，旁邊還有個客堂﹔造好了，我就傳你灌頂和口訣。」於是他又從頭奠房基，開始修造客店。師母常常拿些好吃的東西和酒給他，同時也常常很親切的安慰他。
在大客店快要修好的時候，日多地方的錯通綱崖來求密集金剛的大灌頂。師母給了他一口袋黃油，一匹毛布和一個小銅盤，做為供養的東西。他滿心希望，歡喜地拿著供養物走進佛堂的求法座。上師望著密勒日巴說：「你什麼又來了？你有什麼灌頂的供養嗎？」他說道：「這些黃油，毛布，和銅盤就是我給上師的供養。」
「這供養物黃油是某施主供養給我的﹔拿我的東西來供養我，你自己有供養拿來，沒有就不准坐在這里！」馬爾巴大師說著，立起身來，又將他大罵一場，用腳把他踢出佛堂來。他當時恨不得鑽到地下去才好。
第二天，馬爾巴大師又來說：「現在把客店和房堡快點做好，一修竣工，我就傳你正法和口訣。」密勒日巴千辛萬苦才把客店修好。那時，背上又磨破了一個洞長了背瘡。這個瘡有三個膿頭，腐肉伴著膿血，爛得像一團稀泥。慈悲的師母看到後，忍不住眼淚直流，師母於是向馬爾巴大師稟明他的傷勢，並請求傳他法。
師母暗助 向外求法
但馬爾巴大師派人來喊密勒日巴到他寢室，大師看一看他的傷口便說：「大力！至尊那諾巴，十二大苦行，十二小苦行，比你這個還要利害得多！大小種種二十四種苦行，他都忍受了。我自己也是不顧生命，不惜財產地來奉侍那諾巴上師。你若是真想求法，快不要這樣故意做作，裝做了不得的樣子，趕快去把房堡做好吧！」
於是師母安慰密勒日巴說：「相信你的上師，將來一定會傳法給你的。在此之前，我可以傳你金剛亥母灌頂。」於是密勒日巴由他師母得到了金剛亥母的觀修法門。
之後，馬爾巴大師又命令密勒日巴再建造一座三層高的房子。他心想：「即使樓房蓋好後，上師也不會傳法給我。」 他心灰意冷向師母稟明要回家鄉探望多年未謀面的母親。
於是在正月初十紀念祖師那絡巴而舉行薈供時，師母用了一大口袋麥子，釀了三種酒：一種是濃酒，一種是淡的，一種是中平的。師母向大師敬了很多濃酒。喇嘛們都喝得醉倒了。等到馬爾巴大師師喝醉後，師母悄悄地把那洛巴大師賜給大師的身莊嚴(上師身上所佩帶的飾物)、紅寶石等一些貴重物品偷偷拿出來，並假造了一封大師所寫的書信，讓他帶這些物品，去拜謁他上師的首席弟子歐巴喇嘛，向他求法。
當密勒日巴來到穹頂山，剛好遇上歐巴喇嘛給眾僧人傳授《喜金剛本續》，他講到：「說法是我法亦我，聽法諸眾亦是我，我為成就世界主，世出世間亦為我，我即俱生歡喜大自在。」那時，密勒日巴便遠遠地給他致敬頂禮，喇嘛也摘帽回禮。他對聽法弟子說：「他來到這個法會是很好的緣起，他將成為一切法之王。」
喇嘛派了一個弟子來問密勒日巴是何人並問他的來意，密勒日巴便謊稱是他上師馬爾巴派來學法的，因上師忙碌無有閒暇給他傳法，因此命令他帶祖師那洛巴的身莊嚴以及印信作為憑證，請歐巴喇嘛代為傳法。俄巴上師非常歡喜的說：「上師那諾巴的身庄嚴和玉印到我這里來，真如優缽曇花開，甚是難得希有，不可思議！我們應當恭敬迎接。」
那個比丘就叫密勒日巴在外面等候片時。後來他頂禮的這塊地方就被叫做「禮拜崗」。
歐巴喇讓弟子準備盛禮來迎接祖師那洛巴的聖物，就在如此盛大的歡迎中，密勒日巴獻上馬爾巴上師的信和禮物。歐巴喇嘛看完了馬爾巴上師的介紹函後，他高興地答應為密勒日巴灌傳法。但他要求他在一個叫雅波的地方施咒降冰雹，因為當地有很多喇嘛要來此處學法，卻在途中屢遭一些盜匪的阻礙。
因恐違反師命，在不情願情况下，密勒日巴准備了修法的材料，以真言加持后，帶到了多雅波村中。剛修完了法，在冰雹將要降下來的時候，為了要躲冰雹，密勒日巴趕忙地找到了一個老婆子家里去借宿。一霎時，空中雷電交作，黑雲層層的奔馳而來。
老婦人這裡降冰雹，便哭著說她今年的莊稼若是被冰雹打壞了，她還靠什麼維生呢？於是密勒日巴叫她把自家田地的形狀畫在地上，她畫了一個像長嘴唇皮一樣的三角形。施法時，他立刻 結了「指示印」，用鍋蓋將它蓋住以保她的莊稼完好無損。冰雹停後，地上屍橫遍野。密勒日巴傷心地撿起鳥獸的屍體放在歐巴喇嘛的座前說：「我是為求取正法而來，卻又做了如此的惡業，我該如何才能贖清罪過?」
歐巴喇嘛卻安詳地說：「我們是那洛巴、梅紀巴祖師的法脈傳人，我們有秘訣用威猛法也能使大罪者得以超度解脫。而這些被冰雹打死的生命，將在你未來成佛之時，往生到你的淨土裡，成為首批的聽法眷屬。而在你未成佛之前，我會以我的力量，使牠們不會墮入惡趣。你若不信，請看著。」說完便入定片刻，輕彈一指，那堆死屍神奇地復活了。
在歐巴喇嘛傳完法後，密勒日巴在附近一處古老的山洞，將洞內略作修補就在洞內精進地思惟上師所傳的法，但因所傳的法並無得到馬爾巴上師的許可，無論他如何努力，他的修行始終無法生起任何覺受。
重回寺院 上師怒責
不久馬爾巴大師來信，信中言明要為新屋落成及其子成年禮舉辦慶祝法會，請歐巴別嘛帶惡人密勒日巴來到寺院。
俄巴喇嘛就把信拿到他這里來，說：「看起來恐怕你沒有得到上師的許可吧。」密勒日巴只得照實地說：「看我并沒有得到上師自己真正的許可，信和那些送給你的東西，都是師母給我的！」
俄巴喇嘛說：「哦！原來如此啊！不得上師的許可生不起功德，是當然的。唉！那也是沒有辦法的事！他要你與我一齊去呢！」
遵照馬爾巴上師的意旨，俄巴喇嘛除了留下馬爾巴上師所賜給的加持品之外，把一切佛像，經典，法器，鈴杵，和一切黃金，玉石，綢緞衣著，日用品等一切的一切都一起帶走﹔只留下一條跛足的老山羊。這條跛山羊，不但年老，而且性情怪僻，從來不肯與別的羊在一塊兒走，所以只好留下。其余所有內外全部的財產。都准備一齊供養馬爾巴上師。俄巴喇嘛給了密勒日巴一匹綢子供養馬爾巴上師，俄巴上師的太太也給了他一口袋的酥油點心去供養達媚瑪師母。
密勒日巴與歐巴喇嘛等人帶著珍貴禮品一同啟程，來到上師處參加法會。當密勒日巴到了馬爾巴上師房間請安頂禮時，上師拒絕接受。俄巴喇嘛就把所有的東西供上，說道：「上師啊！我的身，口，意，一切都是屬于您老人家的。這一次來，家里只剩下一只跛足的老母山羊﹔她是羊群的祖母，但是因為老得不堪，又是跛腳，所以才把她留下了。除此之外，我所有的一切都帶了來供養給上師。請您傳我深遠 珠勝的灌頂與口訣﹔特別希望您傳我耳承派的奧義口訣！」說完又向上師禮拜。
馬爾巴大師歡笑的說道：「哦！深遠殊勝的灌頂和口訣，乃金剛剩的捷徑，依此口訣，無須曠劫修行，此身即可成佛，乃一切口訣中的特別口授。為上師，空行之所付囑。你即是要求法，你那個羊雖是又老又跛，不拿來仍是不能稱為全體供養的。我這口訣還是不能傳給你的，別的法我早都已經傳給你了！」
俄巴喇嘛說：「把這個老母羊供養了以後，您老人家肯傳我法嗎？」馬爾巴大師說：「要你親自去拿來，我就傳！」
第二天，俄巴喇嘛就一個人跑回去，把母羊背回來供養給上師。馬爾巴上師非常歡喜的說：「所謂秘密真言乘的學人，就是要像你這樣的的弟子。其實一匹老山羊，對我有什麼用呢？不過為了奉法和重法的原故，這樣做是必需的！」後來馬爾巴上師就傳了他灌頂和口訣。
過了幾天，遠方來了幾個喇嘛，和上師這里的少數幾個人，大家都集合起來，正在做會供輪。馬爾巴大師在自己身邊放了一根很長的旃檀木的棍子，眼睛張得大大的瞪著俄巴喇嘛，手結忿怒印，聲色俱厲的說：「俄頓瓊巴！你對聞喜這個惡人，傳給他灌頂及口訣，理由何在？」一邊說著，一邊瞧著身邊的棍子，手也慢慢的伸過去拿那根棍子。俄巴喇嘛赫得發抖，一面磕頭一面說：「是您老人家給了我一封信，許可我傳法給聞喜。同時又賜給我那諾巴大師的身庄嚴和紅寶石玉印﹔我之傳法與大力是奉命行事的。還要請您老人家原諒！」說了之後，嚇得東張西望，不知怎樣才能使上師息怒。
上師以忿怒的威赫印指著我說：「你這個混帳東西！這些都是從那里來的？」那時，密勒日巴心里痛得跟刀割一般。因為過于恐怖，混身顫栗，話都几乎說不出來了！戰抖抖的勉強說道：「那是師母給我的！」
上師忿怒地責備師母和他，大聲斥喝我們二人背地裡所做的事情，並且拿起身邊的木棍要打師母，師母見狀，趕緊逃進佛堂裡把房門關上。
目睹如此情景，密勒日巴更加覺得自己沒有學法之緣，就在一旁痛哭了起來。由於想到自己一身的罪孽，而在受盡苦行後，仍然得不到上師的諒解，因此有意了斷此生。歐巴喇嘛及其他僧眾聞訊，趕來好言勸慰。有的聽了悲傷過度竟暈倒了。
一會兒，馬爾巴大師心情平息下來了，說道：「哦！喊達媚瑪來！」師母來了以後，上師問道：「俄巴法身金剛他們到那裡去了？」
師母說：「俄巴上人因為您老人家的命令去取那諾巴的身庄嚴和玉印，走到門外的時候，正遇見大力要自殺，求俄巴上人在他死了以後超度他。他們現在都在勸解大力呢。」
此時，馬爾巴大師也得知此事，並流下眼淚來說道：「這樣好的弟子！將秘密真言乘學人所應具的條件都具足了，真是可憐憫。你把他們都喊進來吧！密勒日巴是我最主要的賓客！」
歐巴喇嘛及密勒日巴就入內，當大家就坐以後不久，上師在禪定後和顏悅色地說：「照過去的事看起來，我們誰也沒有錯。我為了要清淨大力的罪業，所以故意給他苦行，又叫他修房子，這樣方得由清淨道淨除其罪業﹔現在已經完成，所以我并沒有錯。達媚瑪是個女人，心腸太軟，太慈悲，難怪她﹔可是假做印信，卻鑄了一件大錯。俄巴也沒有錯，但是先要把身庄嚴和玉石交還給我，我以後再給你。至于大力，他因為求法心切，用盡一切方法想得法，也實在難怪他。這一次，俄巴不知道是達媚瑪所造的假信，便傳給了大力口訣和灌頂。因此，我再沒有辦法給他痛苦，所以大發怒火，你們的請求我都不聽。但是你們要知道，這種發怒與世間一般人的發怒是不相同的，過去任何表現出來的事情，都是為了法的緣故，其自性皆隨順于菩提道。你們不懂得解脫方便的人，不要起邪見！再者，我的這個兒子大力，如果能受九次的大痛苦，大磨折，他將不再轉入六道輪回﹔不盡此蘊，便可任運即身成佛。現在未能如此，還有一點點勝余的罪業，這完全是達媚瑪女人心軟的原故。話雖如此，但是他大部的罪業都已於八次的大苦行和無數的小苦行中根本清淨了。從今以後，我要加持他，傳給他灌頂和口訣，傳授與他我最秘密的心要口訣，還要給他修行的資糧，幫助他一切修行的助緣，讓他好好的修行。大力！你現在可以真的歡喜了！」
那個時候，密勒日巴心裡生起了無量的喜悅，歡喜的眼淚直涌如泉，一邊哭一邊向上師禮拜。作完會供之後，馬爾巴大師傳予密勒日巴別解脫戒，為他剃度，並授予菩薩戒，賜法名為「密勒金剛幢」。而這個名字即是祖師那洛巴所授記。
馬爾巴大師並解釋了他初來此地所發生之事，又把手放在密勒日巴的頂上說：「兒啊！你初來的時候，我就知道你是有根器的弟子；當你到我這里來的前一夜，我做了一個夢，這個夢兆表示出你在佛法上將有廣大的事業。達媚瑪也作了一個同樣的夢，那是守廟的護法空行的顯示。因此你是上師空行母帶給我的弟子，所以我才裝作耕田的樣子來迎接你的。你把我給你的酒都喝完了，把田耕得一點不剩，這是你將領受口訣成為法器，達到圓滿大覺的徵兆。後來你供養了我一個有四個柄的銅缽表示你將成為我四大弟子之一。銅缽上毫無一點破隙，表示你煩惱垢輕，身享「拙火定」大暖樂的徵兆。你用空銅燈來供養我，表示將來在你修行時會有食物困難、遭受飢餓的痛苦。為使你的後半生與你的弟子法統得大受用，使有根器的弟子依著口訣的精要生起喜樂的原故，我就裝滿酥油在空缽中，燃成明燈。為使你生起廣大名聲，所以我敲銅缽讓它發聲。為著淨除你的罪業，所以我叫你來建筑息、憎、懷、誅的房屋。我把你從灌頂的會座中趕出去，又做很多不合情理的事情，可是你不起絲毫的邪見﹔這表示將來你的弟子和法統，學道時能具足信心、精進、智慧、慈悲等一切弟子應具的條件。修道之時，皆能於此生無大貪著，有忍苦精進修行的毅力﹔最後生起覺受証解，具足慈悲和加持，成為圓滿具相的上師。我此口授傳承法統將會發揚光大，如月輪增長，光輝無限！」
山洞閉關 師授口訣
馬爾巴大師將密勒日巴封在近處羅扎烏村的臥虎崖洞裡修持。他在山洞中修定時，頭頂放上酥油燈以自律，身體保持不動，日夜匪懈。如此修行達十一個月時，大師及師母特地前來探望密勒日巴，就在他猶豫不決是否應出關時，師母開了山洞的封口並鼓勵他說：「你出來是毫無過失的，這是秘密真言乘深遠的大緣起。特別是上師的脾氣燥，你不要失掉緣起。師母來替你打破窟門，請你早點出來吧。」
他們談論了很多有關修法的問題，密勒日巴對人身難得以及因果業報、死亡無常、輪迴痛苦等，向上師作了詳細的陳述，並對皈依及修習次第的概要，一一解說，馬爾巴大師聽後非常的高興並嘉許他的修持成果。他們在舉行完薈供後離開，我又繼續封起洞口閉關修法。
有一天晚上，密勒日巴夢見一位身穿綢衣，一身骨飾的綠色少女對他說：「你雖已得到長期修習始得成佛的大手印和六成就法 的殊勝教誨，但卻沒有得到剎那即可成佛的殊勝奪舍法的教誡。」說完便遙無影蹤。
第二天，他想著昨晚的夢境，不知是空行母 的授記或是魔障的干擾。因此破開泥封的洞口，來到上師座前，把夢境告訴了上師，並請求上師傳授此法。馬爾巴大師在沉默片刻後說：「至尊那洛巴曾提過這個法，當時我沒有領會到應當請求傳授此法。現在，我們一起找找看有沒有這個法本。」於是他們師徒翻找關於「奪舍」的法本，卻怎麼也沒找到。
年事已高的馬爾巴大師為了求得「奪舍」的遷識破瓦法，不畏艱辛遠赴印度，然而恰逢那洛巴祖師遠行。由於善緣會合，他們師徒在一個森林中相遇，馬爾巴大師便將祖師迎請到哈慈寺，請求傳授奪舍的遷識破瓦法。
祖師詢問馬爾巴大師：「此請求是源自於自己，亦或是諸佛的授記？」
大師答：「二者皆非，此乃我的弟子密勒日巴向我請求，源自於空行母對他的授記。」
那洛巴聽到後即說：「真是希有難得啊！在黑暗的西藏，竟會出生這樣一位大丈夫，真像太陽照耀著雪山一樣。」隨著他三次俯首敬禮，山嶺樹木也低下了頭。直到今日哈慈地方的山樹彷彿仍朝著向北的方向頂禮致敬。
於是那諾巴尊者就把空行母的口訣和法本完全傳給馬爾巴上師。那諾巴尊者為觀察緣起，示現了虛空壇城。馬爾巴上師先向壇城頂禮，而未先向上師頂禮。那洛巴祖師知道，馬爾巴的子系傳承將不能久傳，但是他的事業法統傳承，卻如無盡之江河，永留於世。
馬爾巴上師得法之後，就回到西藏來了。因馬爾巴上師頂禮之緣起，他的兒子打馬多得夭逝了。在他逝世一周年的 時候，徒眾們大家聚集起來，請示上師來授記弟子們的弘法事業，馬爾巴大師命令弟子們各自先回去祈夢。
第二天，各弟子都把夢兆說了，大家的夢兆雖然都非常之好，但是還不能完全與授記相合。當密勒日巴把自己看到四個大柱子的夢境告訴上師：「夢中我站在極高的須彌山，東西南北方，各有大柱聳立。東方的柱子上有雄獅起舞，怒吼連連；南方柱子有猛虎盤據，吼聲震四方；西方樑柱有大鵬鳥展翅，翱翔太虛中；北方柱子有靈鷲並生一子於崖邊。」
大師聽聞後興奮地說：「此夢非同尋常，是我等的偉大教法興盛流長的預兆！」在座的弟子聽後也無限歡喜，並請上師對夢境作一解析。之後，密勒日巴奉上師之命，就到那諾巴授記的銅崖洞中閉關。閉關修行的時候，一天，他夢見已回到嘉俄澤老家，看見房子破爛，夢見母親去世，妹妹變成了乞丐，流浪到他鄉。由於思母心切，天一大亮，他不顧一切地打破窟門，來到上師的臥房，要求上師准予他回鄉。
恰巧馬爾巴大師正在睡覺，密勒日巴就在上師的枕邊如實稟告。上師醒來後說：「當你來稟告此事時，恰巧遇到我在睡覺，那是我們師徒將不能再見面的預兆；但是那時太陽正好照進屋裡，象徵著你的教法，如朝陽一般照耀十方，尤其是太陽正照著我頭頂，這是修傳派的教法將得到發揚光大的緣起。師母巧拿飲食進來，又是你將以三昧禪悅之食為資生的預兆。」於是大師請師母準備一個薈供，並傳給他成熟的灌頂及不共的殊勝口訣。
大師道：「這些口訣都是至尊那諾巴為我授記，叫我傳給你的，你也應該根據空行母的授記把這些口訣傳給最上根的弟子直至第十三代。如果為了財寶，名利，或希望受人恭敬，或因為個人的偏愛，而傳此法，那就違犯了空行的誓語！所以你應該特別謹慎珍惜這些口授，好好的依「訣」修行。若遇見有善根的弟子，縱然他非常貧窮，沒有任何物質的供養，也應該傳他灌頂口訣而攝受他以弘揚佛法。至于像諦洛巴祖師予那諾巴大師的種種苦難和我給你的種種磨折，這些方法對於今後那些下根人，將會毫無利益，所以不可再用，現在即使是在印度，法行已是較前松懈了﹔所以今後在西藏，這種過於嚴格的方法，也不宜再用了！空行大法，一共有九部，我已經傳了你四部，還有其他五部，以後在我的傳承弟子中，將有一人到印度去向那諾巴的父傳弟子去求法，對眾生將有大利益，你應該努力地去求這法要。」
這時馬爾巴大師雙眼噙滿了淚水慈悲地說：「你心中也許會想：「我很窮，又沒有供養，上師是不是把口訣完全都傳給我呢？你不要有這種懷疑。要知道我對財物的供養，根本就不在意；你拿努力精進修行來作供養，才是我歡喜的供養！並且不為世間八風所動。你務必精進努力，建立成就的勝幢！」
「至於修行的處所，應該依止雪山的崖洞，峻險的山谷和森林的深處。在這些山洞崖穴中，多甲的喜日山是印度諸大成就者所加持的勝地，可以到那里去修行。那其雪山為二十四聖處之一，也是修行的勝地。芒玉的巴拔山，八玉的玉母貢惹為華嚴經上所授記的勝地，亭日的去把，為護地空行母集會的地方，也是修行的勝地。其他任何無人的處所，順緣具足時，也都可以修行。你應在這些地方建起修行的勝幢來！在東方諸勝地中，有得哇多替和咱日。現因緣未到尚未現出，將來在你的說法中，要出一批人材來在這些地方發揚光大。你應該在上面所授記的勝地去修行。要是得了成就，也就是對上師的供養，對父母的報恩，和對眾生的利益。除了究竟成佛之外，任何事都不能算做最上的供養，究竟的報恩，和真實的利他事業。如果沒有成就，縱然長壽百歲，也不過是活著多做一點罪惡而已。所以你要舍棄今生一切的貪著，和對塵世的愛戀﹔莫與那些兢兢于世間俗務的人來往，莫談無意思的閑話，要一心努力修行啊！」
接著馬爾巴大師賜給密勒日巴一個密封的紙卷，並說：「我們父子今生再也不能見面了，我是永遠也不會忘記你的！你也不要忘記我啊！若將來你觀修氣脈遇到障礙時，可啟閱此卷，平時則不可妄開！」
上師逐對師母說：「達媚瑪！你准備明天與密勒大力送行啊！」當天晚上，密勒日巴就在上師的房中，伴著上師﹔師母也在一起，師母悲傷萬分，不住的流淚。
次日清晨，大師等十三人為密勒日巴送行，一路上大家都沉默不語，心中難掩別離之苦。他們在區拉崗的山口做了一場殊勝的薈供。臨別時，馬爾巴大師拉住密勒日巴的手說：「兒啊！你要到衛藏去了！藏地薩兒馬等地方，強盜出沒非常嚴重，我本來想派一個人送你去的，可是因緣的表現，只合你一個人去。現在你雖是一人獨行，但是我會祈請上師本尊加持，命令護法空行來保護你的﹔你不必擔擾。你可以先到俄巴喇嘛那里去，和他比較口訣，看看有什麼差別。再從那里一直回家。在你的故鄉，只許住七天，之後，務必至山中修行，以成就自利利他事業。」
密勒日巴見了俄巴喇嘛，把他的口訣和他的作了一個比較﹔在密續的解釋和說法的善巧方面，他比密勒日巴強﹔可是在修行的口訣上，密勒日巴絕不比他弱﹔特別是空行口傳，密勒日巴知道得確比他多。最後他我向俄巴喇嘛頂禮，發愿以後，三天就走到他自己的家鄉。
見母屍骨 深悟無常
當密勒日巴回到家中，見妹妹下落不明，只看到母親的屍骨，他悲痛萬分，幾乎暈倒。這時恍然記起上師的教誨，便為母入禪定連續修法七日。
七天以後，他從三昧定起，並感悟到輪迴之間一切毫無意義，決定終生修法，以求出離世間。並發願如果此心為世間八風所動，或生起了自我安樂的心，願空行護法來處罰他，取其性命。他就這樣屢屢發下重誓。然後，他帶著母親的骸骨和一些經書，請他兒時啟蒙老師的兒子幫他把母親的骸骨塑成小佛像，安置於塔內。
完事後，老師的兒子要求密勒日巴留宿幾日，因急於修行，他只肯待上一夜，並且將過去幾年所發生的事略為敘述。老師的兒子建議密勒日巴像其他上師一樣娶結賽為妻生子，但為他所拒。密勒日巴說：「獅子跳躍的地方，免子跟著跳必摔死。」
此次回鄉所見一切景象，讓密勒日巴對輪迴生起更加厭離之心。隔日，他帶著啟蒙老師之子所送給的食物，他到自己老家後面的大山上一個崖窟中去修習禪定
姑母慚愧 伯父惡言
密勒日巴在山洞過了一段時間，他因為所有的食物用盡，身體虛弱得無法繼續修行，因此只好到山下的牧場去乞食。碰巧遇上他姑母，她一眼就認出，便放狗咬他，指責施放咒術，害得他們房屋倒塌，淪落到住帳蓬的命運，還拿著帳蓬杵來打我，同時破口大罵數落他的罪行。
他哭著講述往事辯解，在帳蓬邊的一位姑娘聽了的訴說，也不禁流下眼淚。姑母自覺慚愧，就佈施給我一些酥油和奶渣，並拿著她施予的食物走向別的村莊繼續乞討。
之後，密勒日巴又去農戶家裡化緣，又碰到伯父，伯父因房子倒塌後，只好遷移到下村居住。他認出這瘦得像癟死屍的人是密勒日巴後，便勃然大怒口吐惡言，向他砸來石塊並拿起弓箭射他。
因為害怕，密勒日巴只好無奈地說要放咒來嚇唬他們。周圍的人見他要召喚護法神，都非常害怕，唯恐再次遭殃，因此向他求饒並趕他快勸阻擋住伯父。他們給了他很好的佈施，然後將他打發。由於他伯父則不與他妥協，堅持不給他食物。他拿著食物，慢慢回到山洞，他自己在路上思索：「我住在這村子附近，只是引起他們的忿怒與不安，還是趕快離開此處吧！」
當夜，密勒日巴做了一個夢好象叫我再住幾天才走。所以他就決定再暫住幾日。過了幾天，結賽來了，拿著很好的食物和酒來看他，她啼泣著把母親死的經過和妹妹流浪遠方的情形詳細地告訴了他。聽了母親和妹妹的悲慘經過，使得他忍不住也痛哭起來。
結賽告訴密勒日巴她現在還沒有出嫁，因大家都怕他的護法神。即使有人要我，她也不要出嫁！密勒日巴就明白她的意思，說：「我離世棄家專修正法，完全是馬爾巴上 師的恩德﹔對於你結賽，應對你在佛法上發一個善愿，這比一切都好。」
「如果你遇見了琵達妹妹，就把家和田都給她吧！在未遇見她之前，你可以享有這些家產。如果琵達妹妹証實是死了的話，那這家和田我就送給你了。我是修苦行的，過的是跟老鼠和鳥雀一樣的生活，所以田園對我沒有什麼用。即使我擁有全世界的財產，死的時候一樣也帶不走。如今我放棄一切，不但將來快活，現在也快活。我的行為與世人是相反的。從現在起，請你不要把我當人看待好了。」
她說：「那麼，你對於其他一切修法的人都不贊成嗎？」
密勒日巴就說：「學佛的人如果最初就為了要在世界上出風頭而學會講經說法，自己的宗派得勝了就歡喜，別人輸了就高興﹔一味求名求利，空挂一個學佛的名稱，穿上一件黃袍，這種學佛人我是反對的。如果意樂清淨真誠，那麼一切宗派的學人，都是趨向菩提的，我絕不反對。所以說，根本上不清淨的人，我是不贊成的。」
結賽說：「我還從來沒有見過像你這樣窮苦襤褸的學佛人！你是大乘中那一派的辦法啊？」
密勒日巴就說：「這是一種諸乘中最殊勝的法乘，舍棄世間八法，即生成佛的最上乘法。你們世俗人所喜歡的法師，我卻不喜歡。他們的宗義雖然與我相同，但是身穿黃袍為世間八法所轉的，究竟都無實義﹔縱使不為八風所動，其間成佛遲速之差，判若天淵。這一點，你是不會了解的。」
結賽說：「你所說所行的，都與別的法師們不同。這樣看來，二者之中必有一個是錯的。假定兩個都是法，那麼，我還是喜歡他們的。我不要你的房子和田，你還是給你的妹妹吧！佛法我是要修的，可是像你這樣的修法，我是辦不到的。」說完，她就走了。
又過了幾天，姑母聽說密勒日巴不要田宅了，很是詫異：「你是學佛的人，請你要忍耐饒恕！我有意思替你種田，每月給你納租﹔不然你的田荒廢了也可惜，你看好不好？」
密勒日巴說：「很好！我只要每一個月有一開糧食就行了，其餘的就都送給姑母吧！」( 開是西藏重量的單位，一開相當于二十五斤)
又過了兩個月，姑母又來了，對他說：「大家都說耕你的田，你的護法神會發怒放咒的。請你不要放咒啊！請你發一個誓好不好？」
密勒日巴心想：「她是甚麼意思呢？就是不懷好意，也可以作為逆增上緣。」他就向她發了誓，她歡歡喜喜的又去了。
蕁麻度日 艱苦修行
密勒日巴繼續在岩洞勤奮並觀修，但未見有一點功德成就，心感不安。恰好有一天晚上，他夢見自己在開墾一片荒地，由於地太硬正想作罷時，馬爾巴大師從天空降臨說道：「你要勤恆精進，堅持開墾，地再堅硬也終能開墾。」大師便幫他牽著耕牛，和他一起開耕，得來了一場豐收。
他想這就是如果能繼續勤奮觀修，定能生起功德的預兆。他將田地給予姑母，換得了一些青稞粉及一件破皮衣、一些油團後，對人世的厭離就更加堅定，因此決定捨棄家園。
第二天，他拿著賣田所得的物品和隨身所帶的零碎東西，步行到了護馬白崖窟。白崖窟是一個很適宜居住的崖洞。到達以后就把一張硬氈子鋪起來，上面墊了一個小墊子，作為禪座並立誓：「如不獲得殊勝證悟，就永遠住在此山中，即使沒了食物也不下山乞討！」如此過了幾年，他所有的糧食都吃完了，眼看只有餓死一途。
因此，思索是否應下山乞討，但又覺得有違當初立下的誓言。後來想想為求得修法資糧，應不算違背誓言，於是準備離洞下山。然而在山洞前不遠處，他見到一片蕁麻，因此便打消念頭，以蕁麻度日。
外面穿的衣服破爛得連一片布都不剩了。因為專吃蕁麻沒有一點其他的食物，身上也弄得只剩下了一付骨架，頭發和毛孔因為吃蕁麻的緣故也都變成了綠色。他想起上師給我的錦囊信符，他把信符頂載在頭頂上，心里說不出的高興，雖然一點吃的也沒有，但是就好像吃了甘美的食物一樣，他感覺到非常舒適滿足。他想打開信符看一看，可是有一個兆頭表示，拆開信符的時候尚未到。所以就沒有打開。這樣又過了一年。
有一天，來了幾個獵人向密勒日巴索討食物，他回答說除了蕁麻別無其他食物。他們就把密勒日巴抬起重重地摔在地上。由於終年日吃蕁麻，身體瘦得只剩一副骨頭，瘦弱的身軀禁不起三番兩次的摔撞，弄得他疼痛萬分，難以忍受。然而，他對那些獵人並無心懷怨恨，也沒有因為他們的惡行而以往般施放咒術修理他們。
這樣又過了兩年，有一天又有很多人獵人上山來，看到密勒日巴一身骨瘦如柴、混身是綠的鬼模樣，嚇了一大跳。
密勒日巴向他們說：「只是在此修禪定的修行人，因為吃蕁麻吃久了，才這個樣子的。」聽後，他們才轉疑為安，並生起敬佩之心。並供養他很多肉與乾糧，糌粑等食物。於是，密勒日巴煮了些肉吃後，感覺身體安適自如，精神飽滿，修行的覺受也更深廣。
由於密勒日巴很節省地吃肉，剩下的肉開始長蟲，他便想：「既然自己無福享用這些肉，何必去和這些蟲子搶食呢？何況這又違背了菩薩的行止。於是就讓蟲子把剩下的肉全都吃光，自己只吃蕁麻也可勉強度日。」
一年後，江安寨的幾個獵人路過這裡，由於沒有獵到任何動物，因此來到密勒日巴的洞前。他們向他索討食物，他回答說：「沒有其他能吃的東西，只有蕁麻了。」他們只好生火煮蕁麻，因為連油鹽也沒有，他們對密勒日巴的處境感到很悲哀，便說：「這個世界上沒有一個比你更苦的人了，就算一個下人的人也能到起碼的衣食！」
密勒日巴便以道歌對他們說：「請勿憐憫，其實我是眾人中最幸運的人了。我得上師慈悲與成佛的口訣，修行禪定，成就三昧，名、聞、恭敬、衣、食、財、利，無一樣能動我的心。因此我已經降伏了一切世間的煩惱。比起一些庸庸碌碌，整一造作罪業，惟恐入地獄不深的人而言，像你們這樣才真是世界上最悲慘，我才是最幸福的人！」
他家鄉喜俄澤的村人每年要舉行一個塑佛像的大集會。在這一年的集會中，那些獵人們都異口同聲的唱我那支修行快樂的歌。那時他妹妹白達有一天在市集中心化緣，聽聞一些人在唱優美的道歌，方知是密勒日巴所作，打聽之下，白達和結賽來到他的修行洞口。她們帶來了很多肉乾、陳年酥油和糌粑等食物。初見密勒日巴時，她們以為見到了鬼，因為他全身綠茸茸，頭髮又長、皮骨似乎要分離的樣子，看起來怪可怕的。當密勒日巴表明身份後，白達悲喜交集地昏倒在地。甦醒後哭訴著她哥哥離鄉後，家裡所遭遇的情况。她眼見密勒日巴瘦都不像個人，身上幾乎一點衣服都沒有，她們勸我無論如何也要去乞食維生。
密勒日巴回答：「我不知自己何時會死，若為此而浪費修行的時間去募化求生，那是毫無意義的。讓自己在不斷的修行中死去，才是我的願望。三惡道才是真正的痛苦！但是眾生易作惡，自己去找這種痛苦受的人正多得不勝枚舉。我對於我的現狀，已經很滿意了。」並唱了一首歌來教化她們。她們聽了道歌後，對所作所行就更加的佩服。
修得樂明 成就神通
密勒日巴吃過他妹妹和澤色帶來的營養食物後，身體中苦樂的刺激頻繁生起，心念不定以至不能清淨觀修。於是便將上師所賜的秘卷拆開來看，卷內寫有驅除障礙的心要、氣要和觀修心要，以及種種轉過患為功德的修行口訣，並叮嚀他以前因營養不良而導致的氣脈不順，現在應食用正常食物，並應依心氣觀修等口訣力修。
他就將琵達帶來的一點點酒和結賽帶來的食物吃了。照著信符上的指示，依心要，氣要和觀要，打開了身上小脈的脈結，中脈臍間的脈結也打開了生出前所未有的樂，明、無念的覺受。其境界非語言所能形容。這種不共的覺受証解功德，堅固廣大，轉過失而成為功德。瞭知了妄念的體性即是法身，輪迴一切皆為緣起法。行惡則墮入輪迴，善行解脫則獲得涅槃，而其體性皆為空性不二之明光，生出此種不共功德的因地，即是苦修淨行的累積﹔生出此不共功德的緣助，乃食物及甚深口訣，以因緣和合而得成功。因此對真言方便道，會物欲而菩提的殊勝善巧，起了決定信心。深知白達和結賽供食的恩德亦不可思議。為報她們之恩特為發願。
如此繼續修行，他成就了種種神通變化，能以肉身在空中自在飛行。夜晚夢中，亦能遨遊世界，前往諸佛剎土，前往諸佛剎土，聽聞佛法利益眾生。當時密勒日巴已有足夠的能力來利益眾生，但本尊卻示現要他遵師之命，終生修行，作為後人學習的榜樣，於是他毅然繼續留在山中修行。
由於他的神通力已遠播，為了怕自己被名聞利養所誘惑，於是前往一處叫「曲巴」的地方繼續觀修。因長期苦修的原故，他體力不支而摔倒在地，把煮蕁麻的鍋也摔碎了。鍋子里還有一堆鮮綠的麻草，伴著鍋散落在地上。當下的他了悟到一切有為法悉是無常，這個人身也是無常的變化組合，随時可能死亡，應該更加警惕而精進。而身外之物如同被被打破的土鍋，也是無常的示現。這一跤正是在鼓勵他要為出離輪迴而繼續修道，便高興地唱起道歌來。
密勒日巴走過了巴庫，到達亭日，便在路旁躺下來休息片刻。有幾個姑娘打扮得漂漂亮亮的，准備去參加法會，經過這里，看見了他這枯瘦如柴的身體，一個姑娘說道：「你們快看啊！這人真可憐啊！我們要發願，來世不要得到這樣的一個人身啊！」
密勒日巴就站起來對她們說道：「喂！請你們不要這樣說，也用不著這樣難過。老實說，你們就是發願，想要得著我這樣一個人身，還不容易呢！你們悲憫我嗎？可憐我嗎？告訴你們，邪見才是真可憫，愚痴才是真可憐啊！」
一個女郎聽了他的歌就對身旁另一個女郎說道：「他就是密勒日巴啊！我們只看見別人，不看見自己，說了這些不合理的話，讓我們向他懺悔發願吧！」她們二人就來到他面前向他頂禮求懺悔，還供養了他七個小蚌殼，其餘的女郎們也一起向他頂禮，又請他說法。
勤修苦行 捨棄八風
後來，密勒日巴來到布林，便決定到寄普的太陽窟中去修行。布林的居民常常拿食物來供養他，零零星星的時常有許多人來看他，漸漸地他覺得對修定有一點妨礙，就想到上師指示的無人深山中去修行。
那期間，他妹妹白達拿著一條氆氌 (亦稱為藏毛呢)來看他，她雙眼含著淚水說：「我走到布林，恰巧遇見大譯師巴日正在大開法會。巴日譯師的法座上，鋪放著的墊子有几層高，堂的勝幢大傘，高高的懸在頭頂上，五色綢緞的飄帶，向四方飄蕩。小喇嘛徒弟們吹著法螺，喝酒飲茶，忙做一團，到會的人們非常擁擠，真是一場熱鬧的盛會。你受盡了世間苦難，過著如此艱辛的生活，和其他的修行人都不一樣，還要受到他人的譏諷，同時我們也跟著丟臉，我看不如去拜見富有的巴日大譯師，看他是否能收留你做隨從。他們辦法會時，熱鬧非常，有吃有喝又有無數供養。這樣對自己他人都有利益啊！」
但密勒日巴回答說：「你不要這樣說，你們以我赤身裸體為可羞，我以為這是人人本有的身體，我沒有甚麼可恥，那些明知罪業而仍行持非法之徒，為了滿足私慾而欺騙眾生，盜用三寶之物的人，這種人是為神人所不齒的。這種人的行為才叫可恥。如果勤於世間八風，我會生活得比他更闊氣，但是遵照上師的教誨勤修正法，捨棄世間八風，不但對己有益，而且對一切眾生都有究竟的利益。」於是他對妹妹唱了一首捨棄八風之歌。
白達無法理解我的苦心，要密勒日巴用她拿來的氆氌做成裙子來穿，並請求密勒日巴逗留布林以方便照顧。她走後，密勒日巴就把氆氌分成了幾塊，用一大塊作了一個把整個頭部都裝得下的大帽子，又用一塊作了一雙鞋，又用一塊做了廿個小套子，把十個腳指和十個手指都套起來，又做了一個套子，把他的下身私處也套起來。
過了幾天，白達從布林村回來後見他，便很生氣地說：「真是羞死人了！」
他說：「我是一個正人，作有意義事業的人，我最知道羞恥，所以一切的戒律和誓語我都守持很好的。為了隨順妳的心意。我才浪費一些時間，做了這些套子。世人以不可恥之事為可恥，以可恥之事為不可恥。做欺騙害人、造罪作惡的事，反倒不以為恥！」
琵達留在山中數日。這期間，他也趁機對她說了一些因果善惡的道理。她對於佛法漸漸的有了正確的認識，性情也稍稍改變了一些。
那時候，伯父在家鄉已過世了。他死了以後，姑母生出了真誠的懺悔心，帶了一大批東西到布林來見密勒日巴，並且說了很多真心懺悔的話。他給姑母講說因果佛理並唱了一首證道歌給姑母聽，教她如何修持佛法。姑母聽聞後，激動落淚，並再三向他頂禮懺悔。後來她果然也如法修行，成了一位自在解脫的瑜伽母。
降諸魔眾 收服外道
住在札瑪瓊隆時，有一次，密勒日巴背著乾柴要走回山洞的路上，遇見魔王跋若那加和許多非人、鬼怪欲加害他。於是將他們一一收服，並為他們講說佛法，傳授修行口訣。自此以後，他依照上師馬爾巴的囑咐，到積其馬雪山等，遠至尼泊爾之地，降伏了許多的人與非人，並說了許多法要。
在曲桑的一個深夜，一些尼泊爾的外道大師前來施展法術，惡意要攻擊密勒日巴，但密他勒日巴明瞭一切的神變不過是內心的幻化，所有的干擾及魔障，更增殊勝的菩提行。於是唱起道歌，對這些外道開示了因果不虛等道理，及一些較為深廣的法要。這些外道在聽完開示後，見到他們的法術對他毫髮未傷，並向密他勒日巴頂禮皈依。
之後，他遵從上師馬爾巴之命在浴摩雪山修行時，當地的崖魔女前來障礙。她一下子化為一個美麗的女子，對他挑釁，一下子變現成一條狗狂咬他的左足。他了知此乃崖魔女的變現，於是唱了一首證道歌來勸誡魔女。崖魔女聽完後，對密勒日巴生起了極大的信心、發下善願和依止他並給了他豐富的供養。
深緣弟子 從學密法
當密勒日巴居住在札加多吉宗時，有一次，在他禪定中，獲得金剛瑜伽母的預言：「在所有的弟子中，你將會有如日月般的兩位心傳弟子，如眾星燦爛般的二十三名弟子，獲得成就者二十五位，一百名覺悟的弟子，一百零八位得道大士，一千位瑜伽士，與你結下法緣而不墮惡趣者，更是無可計數。 」
在貢塘薩俄洞閉關時，猶如赤子般虔誠的惹瓊巴，放牧著牛羊來到密勒日巴居住的洞口，在聽見他的歌聲，當他看見密勒日巴的容顏後即生起不可動搖的信心，而來謁見並頂禮密勒日巴，請求他傳授佛法。後來惹瓊巴便成為密勒日巴的主要心傳弟子。
有一次，當密勒日巴在俄莽河附近休息時，於夢境中得到空行母示現，告知將遇到一位具深緣的弟子。當他行抵至一條溪邊時，遇到了一個名叫秀巴額的年輕人，於是請那年輕人讓他騎他的馬過河，但那位年輕人不願意。於是密勒日巴就施展神通飛身過河，他見到後，不禁心生淨信並懺悔剛才無禮地對待他，立即向密勒日巴頂禮。密勒日巴對他唱了多首證道歌，年輕人因而信心大增，後來秀巴額跟隨密勒日巴修持佛法。密勒日巴對他傳授了一切密法口訣，該弟子命終後，即飛往空行剎土。
當密勒日巴與眾弟子一起赴崗底斯雪山時，遇見苯教的那若苯瓊和其眾多師兄弟。那若苯瓊說：「崗底斯雪山是屬於他們苯教的神山。如欲居住，須信仰苯教。」
密勒日巴說：「這是大佛聖教的神山，也是我密勒日巴的修行聖地，佛陀也曾親自授記過。如果你們要居住於此就須皈依佛教，否則可遷移至他處。」
那若苯瓊即以雙腳橫跨聖湖瑪旁雍措顯示神通，密勒日巴便用身軀蓋住瑪旁雍措。他們在多處地方，留下兩人互相較量的足跡。在經過無數回合的比量、顯示神通鬥法後，密勒日巴將苯教徒那若苯瓊制伏，他便將崗底斯雪山供養予密勒日巴。
當密勒日巴在「尼香古打山」居住時，有一天，我正坐在一塊大石上觀修無礙慈悲心，這時一隻鹿驚慌失措地跑到我面前，一副非常害怕的樣子，我心中頓時生起了悲心，並對牠唱了一首歌，平息了牠的恐懼。隨後一條兇狠的母狗追來，狀極凶惡地正要朝著鹿兒疾速撲去。我也生起了悲心對牠唱起了一首美妙之歌，澆熄了牠的瞋怒心。過了不久，一個獵人拿著弓箭氣沖沖地追趕來，看見鹿和狗都靜臥在密勒日巴身旁，不禁怒從中來，拔出箭向我射擊。
密勒日巴想：「連畜生都能領會佛法，人應該更加容易理解其中的真諦。」於是，便向獵人曲熱多傑唱起去惡行善的道歌。
曲熱多傑聽後，最初有些懷疑，因為狗與鹿的本性皆不相同，而今竟能和睦相處，他所射出的箭也從來沒有失誤過，心想必定是我施行法術的緣故。但在進入洞內，再三探查後，心中不禁對他的行止油然地欽佩，虔誠地向他頂禮，並把鹿、狗、弓箭等一同供養給密勒日巴。後來，曲熱多傑徹底斷除了對家人、家鄉、世間財物的貪戀之心，一直跟隨密勒日巴修學佛法成為他的另一個心傳弟子。
在曼隆曲巴時，十八惡魔等以披天蓋地的威勢顯示其魔力，前來侵擾威嚇密勒日巴。密勒日巴我對他們說：「若不能如我一般的成就諸法，就空有此難得之身。」眾魔聽完，悟出他話中的含意，做了至誠的懺悔。尤其是長壽七姊妹，甚至將自己的命根供養給他，並請求密勒日巴為她們灌頂傳授密法。
當密勒日巴在卓德札喜崗時，得到空行母所預言–岡波巴正前來拜見他。路途上，岡波巴遇見一位年老的行乞者，當他談及密勒日巴之事時，岡波巴不自覺淚流滿面，生起了極大的淨信。岡波巴拜見密勒日巴後，他用十六兩黃金做成曼達獻給密勒日巴。密勒日巴則拿了一杯自己未喝完的酒給他，岡波巴一飲而盡，這是個很好的預兆。後來，密勒日巴給他傳授了畢生所學的全部教法和秘訣，他如理觀修，終於得到了殊勝的證悟，成為密勒日巴的法子。但為了利益眾生，密勒日巴讓他返回西藏去弘法。
當密勒日巴住在曲巴期間，由於惹瓊巴和賽文惹巴的懇求，曾經反對過密勒日巴的羅頓格頓前來拜見他，並請求傳授佛法，密勒日巴答應了他。在密勒日巴的指導下，羅頓格頓在山間專心修行，獲得了殊勝的證悟，外修內證均圓滿成就，猶如能破除諸邪見的雪山雄獅一般，成為他傳的上首弟子。
密勒日巴尊者以種種方便轉大法輪，以不可思議方便，令無量上、中、下根有緣眾生成熟解脫。上根者得大成就，中根者成其道，下根者也發菩提心，行菩薩行。于無根諸人也廣播善法種子習氣，令得人天快樂。悲心廣大與虛空等，光耀佛法如旭日升天﹔使無量眾生，除惡道苦，脫輪回縛﹔于無量痛苦生死海中，作大救護，為大依怙，其恩德事業誠不可思議也。
酸奶投毒 欲害尊者
尊者經過了無量利生的事業，最後在定日地方，遇到一位名叫札甫格西的行者。操普愛財如命，可是因為他是學者，定日地方的老百姓很恭敬他﹔每逢有宴會的時候，總是讓他坐在上首。 在他見到尊者後，表面上表示恭敬信仰，實際是內懷妒忌。屢次在眾人集會之前，故意向尊者提出許多難題，想使尊者當堂出丑，但總未成功。
在木虎年秋季第一日，定日的村民舉辦了一個大法會，請密勒日巴尊者位於首座，札甫格西坐在第二位上。他故意在人群中先向尊者頂禮，想讓尊者當眾也給他回拜，但是尊者除了自己的上師馬爾巴之外，從不對任何人頂禮。札甫格西心想：「我這樣博學多才的學者，向他這樣一個毫無學問的人頂禮，他居然不回禮，高坐上首，昂然不動﹔真是豈有此理，非要當眾羞辱他一番不可！」
於是就拿了一本因明的論典，放在尊者的面前說：「請你把這本書逐字講解，解答疑問，同時發揮所見，并加評述！」
尊者說：「論典的語義，你也許都能逐句講解，但是真正的意義，是克服世間八法的欲望和降伏我報，以輪回涅?一味而清淨法執。除此之外，那些教人如何問如何答的論辯之學，根本沒有什么大用處，所以我沒有學過，更是不懂﹔如果亦曾學過，或是曾經了解過，現在也早已忘記了。」並且唱了一首相關的證道歌。
格西嘮嘮叨叨地說：「像你們這樣專門修行的人，當然是用這一套話來回答﹔但是我們講學理的，依著邏輯的道理來思辯，則你所說的話，全不合佛法的大義。我因為你是一個好人，才向你頂禮的！」
施主大眾聽了，大不滿意。大家一致說道：「無論你知道多少佛法教理，像你這樣的人遍地皆是，塞滿了世界都裝不滿尊者一根毛孔！你還是不要做聲，安份的做我們的上席﹔想法子去增加你的財產好了，不要再在法會上出丑了！」
格西惱羞成怒，惡語相對，尊者的弟子們紛紛回擊他，使得他懷恨在心。札甫格西有一個情婦，他暗中唆使這位婦人在酸奶中投毒，欲加害尊者並答應在事成之後，將會以一個很貴重的松耳石做為報酬。於是婦人捧著毒酸奶前來供養尊者，那時尊者早已知悉一切，了知自己度化眾生的因緣已盡。雖知道酸奶有毒，但為了讓婦人得到那塊她所垂涎的松耳石，尊者對婦人說：「妳這次送來的酸奶我不吃，下次送來時我一定吃。」婦人聽了，又疑惑又害怕，只好把有毒的酸奶拿回去了。
札甫格西的情婦回去後，將事情的經過向他稟報，並猜測尊者一定有神通，所以不願再次下毒，但格西要她放心，並預先給了她一塊松耳石，以安其心。密勒日巴尊者在卓德札西崗時，婦人再次送來有毒的酸奶。尊者早已知曉自己渡化有情的事業己經完成，即使這位婦人不送毒酸奶來，自己入滅的時候也快到了。於是便問：「妳做這件事的報酬 -那松耳石得到了沒有?」
婦人聽了之後，又羞愧又害怕，嚇得渾身發抖，趕緊跪下磕頭，淚流滿面地說：「玉石得到手了，但請尊者千萬不要吃這奶酪，就賞給我這個喪盡天良的害人精吧！」
尊者回答：「我怎忍心叫妳吃呢？那樣也有違我行菩薩道的誓言，我此生自利利他的事業已經圓滿，妳的供品，不能傷害到我，我只是要確定妳拿到那個人的松耳石報酬罷了。札甫格西所說的花言巧語，極不可信，到時惡報現前，你們最好從此真正的懺悔，好好的學佛﹔即使不然，至少也要牢記，將來如果遇有性命交關的事切莫再造罪業了！向我及我的傳承虔誠祈禱吧！」說完，密勒日巴尊者就把毒奶喝下去。
之後，尊者傳話給亭日鴨龍各處的信士施主和其他各處從未見過他的人們，都來朝見。他的徒弟們原都在准備法會的。聽見這個消息，許多人都不相信，大家都來集會了。尊者就連續地向他們大眾說了許多天的法。詳盡地解說世俗諦的因果道理，和勝義諦的心要指示。他說法的時候，許多上根弟子都親眼看見無量佛菩薩在空中聽尊者說法。有的人看見空中地上充滿了人與非人的聽眾都在歡喜的聽法。大家又都看見，天空中顯出五色的虹光，勝幢等各種彩云遍滿了虛空﹔五色鮮花如雨一般的從天空中降下來，異香陣陣扑鼻﹔同時悅耳的音樂也從空中傳出來。
說法時，具善根的弟子都現量看到許多瑞相，並依根器生起了不同的覺受。上根的人都証悟了自心法身的道理﹔中根的人生起了樂、明、無念的殊勝覺受，趨入大道﹔所有與會的人都生起了大菩提心。
尊者說：「來聽這一次法會的僧、俗人、天大眾都曾在前生發了善愿，所以現在大家能在此聚集，這是佛法因緣的集會。我這個老頭子，現在已經非常衰邁了，今生我們能否再見面，實在很難說。但是我向你們所說的法，都是真實不虛的，希望你們如法修持。」
聽法的大眾都非常歡喜，卻又不敢相信，想道：尊者大概不會涅槃罷！鴨龍和布林的徒眾都到尊者面前請求加持及祝愿。然後聽法大眾都各自回去。天上的虹彩等異徵也慢慢的消失在太空中了。布林的人眾竭誠地懇請尊者的大弟子惹巴寂光等，請求尊者到毒龍頂窟茅蓬去居住，尊者就在那里去住了些時，為布林村的施主們說法。一天，尊者告訴所有的徒眾說：「你們如果對於法上有甚么疑問，應該趕快問我，我快要走了。」
於是徒眾們就預備了會供輪，大家向尊者祈請問法，質疑口授。最後智貢巴和薩問日巴二人啟稟尊者說道：「上師老人家啊！由您的話看起來，您很快就會涅槃了，我們簡止不能相信。請您長久住世，可以多作利生的事業啊！」
尊者說道：「我的世壽將要盡了，應該化度的眾生，也已經化度完了。凡物有生必有死，其實，生亦不過是死的表徵罷了！」
格西懺悔 師留遺囑
後來尊者示現出嚴重的病狀。札甫格西帶了肉、酒等禮物，假意前來探望，諷刺尊者說：「唉！像尊者這樣的大成就者，是不應該害這樣重病的啊！你怎么也會害起病來了呢？如果病能夠分給別人的話，你可以分給各大弟子﹔如果病可以轉送的話，就請你把病轉送給我吧！您現在是一籌莫展，怎樣了局呢？」
尊者說：「我本來不必生這一場病的。目下不得不生病的原因，你應該很清楚吧！一般凡夫的生病原與瑜珈行者的生病性質不同，緣起亦不同。我現在的病實為佛法庄嚴之表現，有一個大罪人，心中的魔鬼跑出來損傷我，使得我四大不調生了病。這場病你是無此能力把他除掉的。我這個病雖然可以移給你，只是恐怕你一刻都受不了，所以還是不移的好。」札甫格西為了讓尊者出醜，堅持要承擔尊者的病痛。
尊者說：「你既然這樣堅持請求，我就暫時把病移向對面那扇門上去。倘若移給你，你是受不住的！你看好了！」尊者就以神力把病苦移到對面那扇門上。那門便嗄嗄作響，幾乎要碎裂了。一會兒門真的裂開來成為許多的碎片。再看尊者，果然現出無病健康的樣子來。
尊者便把病苦移了一半給他。札甫格西頓時痛得要昏了過去，不能動彈，痛苦得幾乎要斷氣，極力向尊者求饒。尊者就把移給他的病收回了一大部分，並且對他說：「我只把我一半的病痛轉移給你，你能承受得了嗎?」
札甫格西親身體驗了尊者的病痛後，心中萬分悔恨，跪下來，頂戴尊足，滿面流淚哭道：「尊者！聖人啊！我誠心的懺悔了！求您饒恕我啊。我把所有的家產一切都供養給尊者，我的罪業果報，請尊者想辦法啊！」
尊者非常欣慰，就將他身上所剩的一點病痛也收了回來。對他說：「我不要田宅財產，現在快要死了，更用不著這些了。你保留著好了。以後就是斷命也莫要再作惡事。你這一次所作罪業果報，我答應替你消除好了。」並且唱了一首道歌給他聽。
聽聞後，札甫格西內心非常地感動，對尊者說：「我發願一生要住於山間，修持正法。我從前作惡的原因，大半都是為了錢財，我現在也無需任何財產了。尊者自己雖然不要，但是尊者的弟子們修行總是需要資糧的，請您替他們收下了吧！」他雖然這樣請求，尊者還是沒有接受。
後來弟子們接受了，就把這筆財產作為集會供養之用。到了現在，曲巴地方還有這個集會供養。札甫格西果然放棄他一生的貪戀，成為一個很好的修行人。
尊者對弟子們說：「我所以要住在這里，就是要令這個大罪人真心懺悔從罪苦中解脫。如今此事已畢，我該要走了。本來大修行人在村鎮中圓寂，就如同皇帝在平民家中死去一樣，所以我要到曲巴去找死的地方了」。
弟子面前 留下遺囑
尊者在熾結窟示現病態。那時天空中出現了像說法時一樣的虹彩、花雨等瑞徵。大家就知道尊者真的要到他方世界去。寂光惹巴雁總巴色問惹巴等第子就問尊者說：「尊者涅槃以後，到那一個淨土中去？我們徒眾們應該向何處祈禱？」
尊者說：「你們隨便在什么地方祈禱都是一樣。只要有信心，虔誠訴禱，我一定會在你們的面前的。你們祈求的事，我一定賜給。這一次，我要到東方現樂淨土去朝禮不動如來。我離開人世間之後，除去極少的几件用品外，什么財產也沒有。把我那藤杖和布衣給惹瓊巴，他很快就會回來的，告訴他這兩件東西與修氣功的緣起有關。在惹瓊巴沒有到之前，千萬不要觸動我的尸體。」
「這個主梅紀巴的帽子和沉香木杖，具有以善見善觀而弘揚佛法的緣起，付給衛巴頓巴。這個木碗寂光你拿去吧！這個靈蓋，雁總頓巴給你吧。打火石給色問惹巴。這雙骨頭匙子給熾貢惹巴。把這塊布墊子分成碎片，分給其他的弟子們，一人可以拿一片去。我這些東西并沒有什么金錢的價值，送給你們的意義，主要的在顯示緣起而已！」
「我最重要的遺囑與我密勒日巴多年來所聚集的『金子』，都藏在甕頭底下，我死了以後，許多無識的弟子也許會因為我的後事而爭吵，那時你們可以把那遺囑打開來看。裡面也有你們修行上的提要。」
（尊者圓寂後，弟子們發現所謂的「金子」就是一封留給他們的信和一塊取之不盡的布和糖。「布和糖」亦稱智慧衣和三昧食，在宗教意義上是被視為「觸解脫（布）」和「嚐解脫（糖）」的聖物。據說有緣能佩帶或食用到這些聖物者便可以種下解脫的種子，來世不墮三惡道。）
「又有某些只有少量福德的學佛人，為了今生的名聞恭敬，表面上東做佛事，西做功德﹔實際呢，他供施一百，心里卻想收回一千。這些貪求果報而行佛事的世俗人，就等于把毒藥混在美味裡進食一樣。所以你們不應該為了今生的名聞恭敬而飲下這個『好名』的毒藥。那些表面上是佛法，而實質上是世法的事，你們都要徹底舍棄，一心精進，修行純淨的佛法才好。」
諸弟子又請問尊者說：「如果對於眾生有利益，我們可否行一點佛法？」
尊者說：「行世法的動機，如果絲毫也不是為了利已，那是可以行的。可是照這樣行，實在是太困難了。如果為了一己的貪欲而行利他，則自尚不成，更談不到利他了。就像不會游水的人去游水，不但游水不成，反而為水所淹毖一樣。所以在沒有証得實相空性以前，最好不要談利生的事業！已無修証，就要利生，等于瞎子引盲人，最後終究要墮入自私的深淵中去。本來虛空無盡，眾生亦無盡，自己修行有成就以後，度生的機會實在太多了﹔任何時間，任何地點，都可以度化眾生。在未有成就前，你們應該以清淨意發大悲心，為利益一切眾生的原故而勤求佛果。放棄衣食名利的思想，身耐勞苦，心負重荷，如是修行才是。這就是度眾生，也就是修行入道完成自他一切的究竟利益。」
密勒日巴圓寂前說道：「我已不能久住世間了，你們要記住我的教誨，一如既往地精進修持。」說完便示現涅槃，享年八十四歲。於木鼠年冬季末月十四日黎明，星光欲沒，朝陽正升之時，尊者之色身入法界體性，顯示涅槃之相。
五部空行 迎尊舍利
此時澄澈的空中，出現了彷彿可以觸摸到的彩虹，各種顏色交織在空中，異常美麗。彩虹的中間有八瓣蓮花的影像，蓮花的上面有極美麗的壇城；虹光之上的五色彩雲，變成勝幢、纓珞、寶幡等祥瑞的形狀；各色各樣的花朵自天而降，紛落如雨；空中出現了悅耳的天樂和禮讚聲；異香流溢大地，各種瑞相美不勝收。
在曲巴這一邊，諸大弟子和施主們連續的至心祈禱了六天，尊者的面孔忽然容光煥發，年青得好像八歲小童一般的模樣。
那時，惹瓊巴那時正在若多寺修法。一天深夜，在夢與光明相融的境界中，惹瓊巴看見曲巴有一座水晶寶塔，光徹虛空，無數空行將它抬起，正準備迎往他方淨土。只見地上到處都是自己的金剛兄弟和尊者的施主們。諸天神和空行遍滿虛空，都在向著寶塔歌唱讚歌，供養了無以言喻的豐盛供品。見此妙境，惹瓊巴也向寶塔頂禮。這時尊者的面容從寶塔中現起，並告訴惹瓊巴務必趕回來見最後一面。言畢，尊者為惹瓊巴摩頂後，隨即含笑而逝。
從夢中醒來後，惹瓊巴知道這是尊者圓寂的徵兆，頓時生起難以忍受的悲哀和猛利的信心。乃一心向尊者祈禱道：「上師啊！我沒有及時趕到，真是后悔喲！但是我馬上就要回來了！」正想間，空中出現了兩個少女，對他說道：「惹瓊巴！尊者要到淨土去了！你要不趕快走，恐怕今生再也看不見尊者了！快點走吧！」
惹瓊巴這時心中專念著上師，歸心似箭，立刻就起身回去。於是惹瓊巴便如離弦之箭一般，快速地趕回去曲巴，見尊者最後一面。惹瓊巴心中七上八下地向曲巴趕來，到了尊者入滅的山窟前，看見徒眾施主們正在尊者的遺體旁邊悲哀祈禱環繞。有許多新來的徒弟們，他們眾來沒有見過惹瓊巴，就阻擋住不要他進洞走近尊者的遺體。
惹瓊巴心中說不出的哀痛，痛哭流淚，唱了一只七支供養歌。惹瓊巴的歌聲剛一傳進洞去，尊者的遺體忽然自己生起火來。寂光惹巴雁總頓巴和各大弟子施主們一聽見惹瓊巴的歌聲，都趕快出來迎接。但是惹瓊巴因為新來那些弟子不認識他，不要他進去，心中非常難過，所以沒有立時進去。等唱完了七支供養歌之後，才走進洞內。
因為惹瓊巴熱情和至誠的歌聲祈禱感動了尊者，雖然尊者已經趨入了光明法性的大涅，這時又從光明而起，坐了起來，對那些新來的徒眾們說道：「你們初修的徒眾啊！莫要這樣做！惹瓊巴是人中獅子，你們應該敬重他。」又對惹瓊說道：「兒啊！你不要這樣難過，到你父親的身旁來吧！」
惹瓊巴馬上走到尊者遺體的前面，抱住尊者放聲痛哭。因為過度的悲傷，惹瓊巴竟暈倒在地上。等到他醒轉來的時候，看見徒眾施主們都環繞在祭壇的周圍，尊者的無垢金剛雙運身并沒有倒下，在八葉蓮花形的火聚中安穩的坐著，左手托住面腮，作唱歌的姿態，對著惹瓊巴和眾弟子們說道：「你們聽我這個老人的最後一首歌吧！」就在祭壇上唱了一首六種心的道歌。
唱畢，尊者即進入了法性光明中。尊者剛一圓寂，祭壇就放出光明，變成一個四方形的越量宮，種種光明傘蓋、彩霞、賓幢等丰盛的供養，無盡莊嚴。光明中又化現出無數的天女，在美妙的音樂中唱歌起舞。在祭壇上的虛空中，天子和天女捧著滿盛甘露的寶瓶為尊者供養。徒眾和施主們，有的看見祭壇中尊者是喜金剛，有的看見尊者是上樂金剛，或密集金剛，有的看見是金剛亥母，依各人的因緣根器不同，各各看見不同的佛身。這時，遍滿虛空的無數空行，一齊同聲唱道 。
空行們唱完了歌，時間已近黃昏，天漸漸地黑了，祭壇上的火也已熄滅。但是祭壇內外卻是一片透明的光。徒眾們覺得非常奇怪，向祭壇里面看，原來在祭壇的中央，出現了一個光明的寶塔。寶塔的中央，有人看見上樂金剛，有人看見亥母或喜金剛，有人看見金剛鈴、杵、寶瓶、手印、身、口、意的種種字形。有人看見一片金色的光明，有人看見一片海水，或一團烈火，也有人什么都看不見。
徒眾們于是打開祭壇的門，讓熱氣散發，以備第二天來取舍子。這時又出現了許多不可思議的異徵。當日晚上，大家都把頭朝著祭壇的門在地下睡著了。次日一早，惹瓊巴剛剛醒的時候，看見五部空行母們拿著纓絡骨飾眾寶庄嚴及種種五欲供養品，進入祭壇來行供養。一會見，看見五個主要的空行母，從祭壇中捧著一團光明的東西飛了出去。惹瓊巴正看得出神，忽然想起必是空行母們把尊者的骨灰舍利子拿走，心中一急，連快趕出來，這時空行母們已經捧著舍利，勝在空中。惹瓊巴立刻回去把所有的師兄弟喊醒。大家打開祭壇的門，向里面一看，連一棵舍利子都未留下！惹瓊巴悲痛憂傷萬分，就請求空行母慈悲分一點舍利子給人間的弟子們。
空行母說道：「你們這些大弟子們，已經得到了最殊勝的舍利，親見法身，如果這個還嫌不夠，可以祈請尊者，尊者自然會給你們的。至于其他的人們，比起光明如日月的尊者來連螢火虫還不如，這些人給他們舍利子作什么？這些舍利子是屬於我們的。」說完就停住在空中不動。徒眾們聽了空行母的話後，大家一想，這個話說得不錯，心性懊悔，殷切的祈禱。
隨後就看見空行母的手掌中放出五色毫光，尊者的舍利子大如鳥蛋，降落在祭壇上。弟子大眾看見舍利子降下來，都伸手想去拿，舍利子忽然又飛到空中，重新溶合到空行母掌中所發的毫光里去了。忽然毫光又為兩道，一道變成為日月座墊的獅子座，另一道變成一座內外透明的琉璃寶塔，塔中放出紅、白、藍、黃、綠、五色光明，遍照三千大千世界，由一千零二尊佛四周圍繞著，中間端坐至尊密勒日巴。億意空行海會云集，供養贊嘆，有兩個天女在塔的下面捧著寶塔。
空行母捧住寶塔，飛到諸大弟子的頂上，寶塔忽然放出許多道毫光，每一個弟子的頭頂上也都有一道光照射出來。大家都看見寶塔中央的尊者騰入空中，變成喜金剛，上樂金剛，密集金剛，至尊母壇城，無量佛陀，為空行母所圍繞。最后諸佛菩薩皆化成光明，溶入尊者的心間。在天樂齊鳴中，尊者被迎請到東方現樂剎土中去了。
諸大弟子看見尊者已經悄然飛去，無法取得舍利供養，於是大家都嚎啕大哭，悲哀祈禱。忽然聽見空中尊者的聲音說道：「徒兒們啊！你們用不著這樣的悲傷，在崖石的下面找到四個字的銘訓。以後，你們就會發現供物的。」於是大家就在崖石的周轉四處找尋，果然發現了銘訓。這個崖石，現在曲巴寺還可以見到。
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